Генотипирование фактора ингибирования миграции макрофагов (MIF) Полиморфизм повторов CATT₅₋₈ с помощью денатурирующей высокоэффективной жидкостной хроматографии ( DHPLC )
Фактор ингибирования миграции макрофагов (MIF) представляет собой провоспалительный цитокин, экспрессирующийся во многих различных типах клеток и участвующий в патогенезе множества острых и хронических воспалительных заболеваний. Переменное количество тандемных повторов (VNTR) CATT5-Eight в положении -794 в промоторе гена MIF было связано с несколькими патологическими состояниями человека. Описаны различные методы генотипирования тетрануклеотидных повторов CATT.
Здесь мы впервые сообщаем о полной характеристике полиморфизма повторов CATT5-Eight с использованием исключительно метода денатурирующей высокоэффективной жидкостной хроматографии (DHPLC) в частично денатурирующих условиях.
Этот подход, основанный на пошаговом протоколе DHPLC, позволил точно определить все гомозиготные и гетерозиготные генотипы в 350 образцах ДНК от контрольных субъектов. Результаты были подтверждены сравнением с секвенированием ДНК, и подход DHPLC был точным, чувствительным и хорошо воспроизводимым.
Данные текущего исследования демонстрируют, что этот метод анализа с помощью DHPLC может представлять собой мощный и чувствительный альтернативный инструмент для быстрого и эффективного генотипирования коротких тандемных повторов, представляющих ограниченное количество аллелей.
DHPLC — это высокочувствительный и быстрый метод скрининга для выявления мутации BRAF (V600E) при папиллярной карциноме щитовидной железы.
Сообщалось, что мутация BRAF (V600E) встречается в 30–80% папиллярных карцином щитовидной железы (PTC). Хотя прямое секвенирование — это метод, наиболее часто используемый для выявления мутаций, этот метод недостаточно чувствителен для точного обнаружения мутаций низкого уровня. Чтобы определить оптимальный диагностический метод для выявления мутации BRAF (V600E) в PTC , мы сравнили диагностическую эффективность четырех репрезентативных методов обнаружения в фиксированных формалином парафиновых тканях щитовидной железы, полученных от 40 пациентов с диагнозом PTC. Чтобы обнаружить мутацию BRAF (V600E), мы амплифицировали экзон 15 гена BRAF и провели мутационный анализ с прямым секвенированием, денатурирующей высокоэффективной жидкостной хроматографией (DHPLC), пиросеквенированием и колориметрическим анализом.
Мутация BRAF была обнаружена в 33 случаях (82,5%) с помощью DHPLC, в 23 случаях (57,5%) с помощью прямого секвенирования, в 22 случаях (55,0%) с помощью пиросеквенирования и в 37 случаях (92,5%) с помощью колориметрического анализа. Чувствительность, отрицательная прогностическая ценность и точность DHPLC были 100%. Специфичность и положительные прогностические значения для DHPLC, прямого секвенирования и пиросеквенирования составили 100%, а для колориметрического анализа — 14,3% и 83,8% соответственно. Значение каппа для DHPLC было идеально 1,0, что превосходило другие методы. В заключение, DHPLC — это чувствительный, специфический и точный метод обнаружения мутации BRAF (V600E), особенно мутации низкого уровня, в PTC.
confocal-club
Recombinant Human Glutaminase kidney isoform, mitochondrial
Применение DHPLC- скрининга гена TGFBR-Three у китаянок с идиопатической преждевременной недостаточностью яичников
ЦЕЛЬ
Оценить клиническую ценность денатурирующей высокоэффективной жидкостной хроматографии (DHPLC), используемой для выявления полиморфизма 11 и 12 экзонов трансформирующего фактора роста бета-рецептора 3 (TGFBR-3) у женщин с идиопатической преждевременной недостаточностью яичников (POF) .
МЕТОДЫ
С февраля 2009 года по декабрь 2011 года 110 пациентов с идиопатической ПНЯ, проходивших лечение в Шэньчжэньском институте здоровья матери и ребенка при Южном медицинском университете, были включены в это исследование в качестве группы ПНЯ . Между тем, контрольную группу составили 110 женщин до 40 лет с нормальным гормональным уровнем и менструальным циклом. В экзоны 11 и 12 TGFBR-3 полиморфизма гена подвергали скринингу с помощью DHPLC, и результаты секвенирования ДНК был золотым стандартом. Были рассчитаны некоторые связанные индексы, такие как чувствительность, специфичность, ложноотрицательное значение, ложноположительное значение, индекс Юдена, положительный прогноз.значение и отрицательное прогностическое значение. В то же время 20% протестированных образцов были выбраны случайным образом и снова обнаружены методом DHPLC. Значение индекса Каппа рассчитывали путем сравнения результатов первого и второго анализа DHPLC.
ПОЛУЧЕННЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ
В экзоне 11 TGFBR-Three не было идентифицировано полиморфизм гена, и в экзоне 12 были идентифицированы два нуклеотидных полиморфизма. Для полиморфизма 2022 T / C частоты CC с 0,9% (1/110), TC с 22,7% (25/110). ), TT с 76,4% (84/110), C с 12,3% (27/220) и T с 87,7% (193/220) в группе POF значительно отличались от CC с 0, TC с 9,1% (10/110 ) и TT с 90,9% (100/110), C с 4,5% (10/220) и T с 95,5% (210/220) в контрольной группе (все P <0,05).
Частоты аллелей и генотипов 2161-75 C / T существенно не различались между двумя группами (все P> 0,05). В качестве золотого стандарта секвенирование ДНК показало, что DHPLC показал, что чувствительность составила 100%, специфичность — 97,9%, индекс Юдена — 97,9%, прогностическая ценность положительного результата — 96,3%, прогностическая ценность отрицательного результата — 100%, а индекс Каппа — 0,888 (P <0,05). ).
ВЫВОДЫ
Анализ DHPLC — это более надежный, надежный и практичный метод выявления полиморфизма TGFBR-3 при идиопатической преждевременной недостаточности яичников.
Фрагмент последовательности ДНК, содержащий мутацию от C до A, как удобный стандарт мутации для анализа DHPLC .
ЦЕЛЬ
Денатурирующая высокоэффективная жидкостная хроматография (DHPLC) — это высокопроизводительный подход для скрининга вариаций последовательности ДНК. Для оценки калибровки печи, производительности картриджа, состава и стабильности буфера используются стандарты мутации низкого и высокого диапазона WAVE для обеспечения воспроизводимости и точности хроматографического анализа. Целью этого исследования было предоставить экономичный самодельный стандарт мутаций для анализа DHPLC .
МЕТОДЫ
DHPLC выполняли для оценки различных температур элюирования фрагмента ДНК размером 374 п.н. с мутацией C> A в положении 59 для достижения профиля пика, аналогичного стандарту с низким уровнем мутаций. Чтобы проверить воспроизводимость домашнего стандарта мутации с использованием DHPLC , было проведено 15 различных экспериментов для сравнения домашнего стандарта мутации, стандарт мутации низкого диапазона WAVE с положительным контрольным образцом ДНК.
ПОЛУЧЕННЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ
Мы определили сравнимую температуру элюирования и профиль пика со стандартом WAVE Low Vary Mutation Customary.
ВЫВОДЫ
Это исследование подтвердило воспроизводимость профиля пика нашего домашнего стандарта мутаций по сравнению со стандартом с низким уровнем мутаций с использованием анализа DHPLC .
Синдром Аладжиля: новая недостоверная мутация, обнаруженная с помощью секвенирования всего экзома в случае, ранее признанном отрицательным с помощью DHPLC и MLPA .
Синдром Алажиля (ALGS, MIM 118450) — аутосомно-доминантное мультисистемное заболевание с высокой вариабельностью. Описаны два гена: JAG1 и NOTCH2. Распространенность среди населения составляет 1:70 000 в зависимости от наличия у новорожденных заболеваний печени. Большинство случаев ( ~ 97 %) вызвано гаплонедостаточностью гена JAG1 на 20p11.2p12 , либо из-за мутаций или делеций в локусе. Менее 1% случаев вызваны мутациями в NOTCH2 .
Наиболее широко используемые методы мутационного скрининга включают денатурирующую высокоэффективную жидкостную хроматографию (DHPLC) и мультиплексную амплификацию зонда, зависимую от лигирования (MLPA) . Совсем недавно секвенирование всего экзома (WES) стало технически возможным благодаря недавним достижениям в технологиях секвенирования следующего поколения, что открывает новые возможности для идентификации мутаций / генов. Пробанд и его семейство, отрицательные на наличие мутаций в генах JAG1 и NOTCH2 ни DHPLC, ни MLPA, были проанализированы с помощью WES . Была идентифицирована миссенс-мутация, ранее не описанная, в гене JAG1. Этот результат показывает улучшение частоты обнаружения мутаций благодаря новой технологии секвенирования, что указывает на острую необходимость повторного анализа всех отрицательных случаев.
