Создание протокола молекулярной диагностики мутаций β-талассемии в Тунисе с использованием денатурирующей высокоэффективной жидкостной хроматографии ( DHPLC ).
ЗАДНИЙ ПЛАН
β-Талассемия — одно из наиболее распространенных аутосомно-рецессивных заболеваний во всем мире . Он представляет собой большую молекулярную гетерогенность, являющуюся результатом более чем 200 причинных мутаций в гене β-глобина. В Тунисе β- талассемия представляет собой наиболее распространенное моногенное нарушение гемоглобина с 2,21% носителей.
Эффективные и надежные методы скрининга мутаций необходимы для создания соответствующих профилактических программ для пар из группы риска. Целью настоящего исследования является разработка эффективного метода, основанного на денатурирующей высокоэффективной жидкостной хроматографии (DHPLC), в которой весь ген β-глобина (HBB) проверяется на наличие мутаций, охватывающих около 90% спектра.
МЕТОДЫ
Мы провели валидацию анализа DHPLC для прямого генотипирования 11 известных мутаций β-талассемии в популяции Туниса.
ПОЛУЧЕННЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ
Анализ DHPLC был разработан на основе анализа 62 архивных образцов β-талассемии, предварительно генотипированных, а затем подтвержденных с полным соответствием на 50 тестах со слепыми рандомизированными образцами, ранее генотипированными с помощью секвенирования ДНК, и с 96% консистенцией на 40 образцах в качестве проспективного исследования.
ВЫВОДЫ
По сравнению с другими методами генотипирования, метод DHPLC может отвечать требованиям прямого генотипирования известных мутаций β-талассемии в Тунисе и применяться в качестве мощного инструмента для генетического скрининга лиц в пренатальном и постнатальном периоде.
Обнаружение мутаций в gyrB с использованием денатурирующей высокоэффективной жидкостной хроматографии ( DHPLC ) среди сероваров Salmonella enterica Typhi и Paratyphi A.
Устойчивость к фторхинолонам опосредуется мутациями в области, определяющей устойчивость к хинолонам (QRDR) генов топоизомеразы. Денатурирующую высокоэффективную жидкостную хроматографию (DHPLC) оценивали для обнаружения клинически важных мутаций в gyrB среди сальмонелл.
Salmonella Typhi и S. Paratyphi A, характеризующиеся мутацией в QRDR gyrA, parC и parE, были изучены на мутации gyrB с помощью DHPLC и подтверждены секвенированием.
Анализ DHPLC позволил выделить тестируемый мутант из изолятов с gyrB дикого типа и отличить мутанты от других мутантов по профилю пика и сдвигу во времени удерживания. Были обнаружены три варианта последовательности в кодоне 464, а также обнаружена новая мутация Ser → Thr . Мутация gyrB была связана с неклассической устойчивостью к хинолонам (NALS-CIPDS) только в 34 изолятах S. Typhi и отличалась от классической устойчивости к хинолонам, связанной с мутациями gyrA (NALR-CIPDS).
Методы молекулярной кардиологии: анализ выявления мутаций DHPLC .
Растущее число мутаций было идентифицировано в генах, участвующих в сердечных заболеваниях, что привело к новым открытиям в патофизиологии наследственных сердечных заболеваний. В результате этих открытий были внедрены методы, специализирующиеся на автоматизированном высокопроизводительном анализе, для обработки растущего числа диагностических генетических запросов.
Денатурирующая высокоэффективная жидкостная хроматография (DHPLC) — один из таких новых методов, который отвечает критериям скорости, чувствительности и точности. В этом выпуске основное внимание уделяется основному принципу метода и показано, как можно идентифицировать генетические изменения.
Description: Quantitativesandwich ELISA kit for measuring Human Zyxin (ZYX) in samples from serum, plasma, tissue homogenates, cell lysates. A new trial version of the kit, which allows you to test the kit in your application at a reasonable price.
Description: Quantitativesandwich ELISA kit for measuring Human Zyxin(ZYX) in samples from serum, plasma, tissue homogenates, cell lysates. Now available in a cost efficient pack of 5 plates of 96 wells each, conveniently packed along with the other reagents in 5 separate kits.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Human Zyxin (ZYX) in tissue homogenates, cell lysates, cell culture supernates and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Human Zyxin (ZYX) in tissue homogenates, cell lysates, cell culture supernates and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Human Zyxin (ZYX) in tissue homogenates, cell lysates, cell culture supernates and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Human Zyxin (ZYX) in tissue homogenates, cell lysates, cell culture supernates and other biological fluids.
Description: Enzyme-linked immunosorbent assay based on the Double-antibody Sandwich method for detection of Human Zyxin (ZYX) in samples from tissue homogenates, cell lysates, cell culture supernates and other biological fluids with no significant corss-reactivity with analogues from other species.
Description: A sandwich ELISA kit for detection of Zyxin from Human in samples from blood, serum, plasma, cell culture fluid and other biological fluids.
Description: Quantitative sandwich ELISA for measuring Human Zyxin (ZYX) in samples from cell culture supernatants, serum, whole blood, plasma and other biological fluids.
Description: Quantitative sandwich ELISA for measuring Human Zyxin (ZYX) in samples from cell culture supernatants, serum, whole blood, plasma and other biological fluids.
Description: Quantitative sandwich ELISA for measuring Human Zyxin (ZYX) in samples from cell culture supernatants, serum, whole blood, plasma and other biological fluids.
Description: A polyclonal antibody against ZYX. Recognizes ZYX from Human, Mouse, Rat. This antibody is Unconjugated. Tested in the following application: ELISA, WB
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Human Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Human Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Human Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: Focal adhesions are actin-rich structures that enable cells to adhere to the extracellular matrix and at which protein complexes involved in signal transduction assemble. Zyxin is a zinc-binding phosphoprotein that concentrates at focal adhesions and along the actin cytoskeleton. Zyxin has an N-terminal proline-rich domain and three LIM domains in its C-terminal half. The proline-rich domain may interact with SH3 domains of proteins involved in signal transduction pathways while the LIM domains are likely involved in protein-protein binding. Zyxin may function as a messenger in the signal transduction pathway that mediates adhesion-stimulated changes in gene expression and may modulate the cytoskeletal organization of actin bundles. Alternative splicing results in multiple transcript variants that encode the same isoform.
Description: Description of target: Adhesion plaque protein. Binds alpha-actinin and the CRP protein. Important for targeting TES and ENA/VASP family members to focal adhesions and for the formation of actin-rich structures. May be a component of a signal transduction pathway that mediates adhesion-stimulated changes in gene expression.;Species reactivity: Human;Application: ;Assay info: Assay Methodology: Quantitative Sandwich ELISA;Sensitivity: 5.8 pg/mL
Description: Description of target: Adhesion plaque protein. Binds alpha-actinin and the CRP protein. Important for targeting TES and ENA/VASP family members to focal adhesions and for the formation of actin-rich structures. May be a component of a signal transduction pathway that mediates adhesion-stimulated changes in gene expression (By similarity).By similarity ;Species reactivity: Human;Application: ELISA;Assay info: Assay Methodology: Quantitative Sandwich Immunoassay;Sensitivity: < 0.061 ng/mL
Description: Description of target: Focal adhesions are actin-rich structures that enable cells to adhere to the extracellular matrix and at which protein complexes involved in signal transduction assemble. Zyxin is a zinc-binding phosphoprotein that concentrates at focal adhesions and along the actin cytoskeleton. Zyxin has an N-terminal proline-rich domain and three LIM domains in its C-terminal half. The proline-rich domain may interact with SH3 domains of proteins involved in signal transduction pathways while the LIM domains are likely involved in protein-protein binding. Zyxin may function as a messenger in the signal transduction pathway that mediates adhesion-stimulated changes in gene expression and may modulate the cytoskeletal organization of actin bundles. Alternative splicing results in multiple transcript variants that encode the same isoform.;Species reactivity: Human;Application: ELISA;Assay info: Assay Methodology: Quantitative Sandwich ELISA;Sensitivity: 29pg/mL
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Mouse Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Mouse Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Mouse Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Goat Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Goat Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Goat Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Canine Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Canine Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Canine Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Rabbit Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Rabbit Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Rabbit Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Porcine Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Porcine Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Porcine Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Rat Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Rat Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Rat Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Monkey Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Monkey Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Monkey Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A polyclonal antibody against Phospho-ZYX (S142). Recognizes Phospho-ZYX (S142) from Human. This antibody is Unconjugated. Tested in the following application: WB, ELISA;WB:1/500-1/2000.ELISA:1/5000
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Guinea pig Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Guinea pig Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A competitive ELISA for quantitative measurement of Guinea pig Zyxin in samples from blood, plasma, serum, cell culture supernatant and other biological fluids. This is a high quality ELISA kit developped for optimal performance with samples from the particular species.
Description: A polyclonal antibody for detection of Zyxin phospho Ser142) from Human. This Zyxin phospho Ser142) antibody is for WB, ELISA. It is affinity-purified from rabbit antiserum by affinity-chromatography using epitope-specific immunogenand is unconjugated. The antibody is produced in rabbit by using as an immunogen synthesized peptide derived from human Zyxin around the phosphorylation site of S142
Description: A polyclonal antibody for detection of Zyxin phospho Ser142) from Human. This Zyxin phospho Ser142) antibody is for WB, ELISA. It is affinity-purified from rabbit antiserum by affinity-chromatography using epitope-specific immunogenand is unconjugated. The antibody is produced in rabbit by using as an immunogen synthesized peptide derived from human Zyxin around the phosphorylation site of S142
Description: A polyclonal antibody for detection of Zyxin phospho Ser142) from Human. This Zyxin phospho Ser142) antibody is for WB, ELISA. It is affinity-purified from rabbit antiserum by affinity-chromatography using epitope-specific immunogenand is unconjugated. The antibody is produced in rabbit by using as an immunogen synthesized peptide derived from human Zyxin around the phosphorylation site of S142
Description: Pre-made lentiviral particles expressing (CFP-human Zyxin) fusion contruct under suCMV promoter, provided in DMEM medium with 10% FBS and 60ug/ml of polybrene.
×
Технология DHPLC для высокопроизводительного обнаружения мутаций в популяции TILLING твердой пшеницы
ЗАДНИЙ ПЛАН
Твердая пшеница (Triticum turgidum L.) — зерновая культура, широко выращиваемая в регионах Средиземноморья; зерно янтаря в основном используется для производства макаронных изделий, кускуса и типичного хлеба. Технологии обнаружения однонуклеотидного полиморфизма (SNP) и индукция высокопроизводительных мутаций представляют собой новую проблему в селекции пшеницы для выявления аллельной изменчивости в больших популяциях.
В стратегии TILLING используется традиционный химический мутагенез с последующим скринингом несоответствий по одному основанию для выявления новых мутантных локусов. Хотя TILLING был объединен с несколькими чувствительными методами предварительного отбора для анализа SNP, большинство из них полагается на дорогостоящее оборудование. Недавно новый недорогой и экономящий время протокол DHPLC был использован в молекулярной диагностике человека для обнаружения неизвестных мутаций.
ПОЛУЧЕННЫЕ РЕЗУЛЬТАТЫ
В этой работе мы разработали новую популяцию TILLING твердой пшеницы (сорт Marco Aurelio) с использованием 0,70-0,85% этилметансульфоната (EMS). Чтобы исследовать эффективность мутагенных обработок, пилотный скрининг был проведен на 1140 мутантных линиях, сфокусированных на двух генах-мишенях (ликопин-эпсилон-циклаза, ε-LCY и ликопин-бета-циклаза , β-LCY), участвующих в метаболизме каротиноидов в пшенице. зерна.
Мы упрощаем обнаружение гетеродуплекса двумя недорогими методами: методом ферментативного расщепления (CelI) / агарозным гелем и денатурирующей высокоэффективной жидкостной хроматографией (DHPLC) . Подход CelI / агарозный гель позволил нам идентифицировать 31 мутацию, тогда как процедура DHPLC выявила всего 46 мутаций для обоих генов.
Все обнаруженные мутации подтверждены прямым секвенированием. Расчетная общая частота мутаций для пилотного анализа по методологии DHPLC оказалась равной 1/77 т.п.н., что представляет высокую вероятность обнаружения интересных мутаций в генах-мишенях.
ВЫВОДЫ
Мы продемонстрировали применимость и эффективность новой стратегии обнаружения индуцированной изменчивости. Мы получили и охарактеризовали новую популяцию TILLING твердой пшеницы, полезную для лучшего понимания основных функций генов. Доступность этого инструмента вместе с техникой TILLING расширит полиморфизмы генов-кандидатов агрономически важных признаков у пшеницы.
Разнообразие микробиоты, участвующей в производстве винного и органического яблочного уксуса, погруженного в воду, как показали анализ DHPLC и секвенирование следующего поколения.
Образцы нефильтрованного уксуса, собранные в ходе трех циклов окисления при погруженном промышленном производстве каждого из них, красного вина и органического яблочного уксуса , были отобраны в словенской компании, производящей уксус . Образцы систематически собирали от начала до конца цикла окисления и использовали для микробных анализов, не зависящих от культуры, проводимых денатурирующей жидкостной хроматографией высокого давления (DHPLC) и секвенированием Illumina MiSeq вариабельных областей гена 16S рРНК .
Оба подхода показали очень однородную бактериальную структуру при производстве винного уксуса, но более гетерогенную при производстве органического яблочного уксуса. Во всех образцах винного уксуса преобладающим видом была Komagataeibacter oboediens (ранее Gluconacetobacter oboediens) . В яблочном уксусе уксусная кислота и молочнокислые бактерии были двумя основными группами бактерий.
Консорциум бактерий уксусной кислоты состоял из Acetobacter и Komagataeibacter, при этом род Komagataeibacter превосходил Acetobacter во всех образцах яблочного уксуса в конце цикла окисления. Среди консорциума молочнокислых бактерий были идентифицированы два доминирующих рода, Lactobacillus и Oenococcus, причем Oenococcus преобладали с увеличением концентрации уксусной кислоты в уксусах. Неожиданно второстепенным родом консорциума бактерий уксусной кислоты в органическом яблочном уксусе оказался Gluconobacter , что указывает на возможное развитие популяции Gluconobacter с толерантностью к этанолу и уксусной кислоте. Среди сопутствующих бактерий винному уксусу родРодококк был обнаружен , но к концу циклов окисления он значительно уменьшился.
Description: A sandwich quantitative ELISA assay kit for detection of Mouse Annexin A2 (ANXA2) in samples from serum, plasma, tissue homogenates or other biological fluids.
Description: A sandwich quantitative ELISA assay kit for detection of Mouse Annexin A2 (ANXA2) in samples from serum, plasma, tissue homogenates or other biological fluids.
Description: ANXA2 Human Recombinant produced in E.Coli is a single, non-glycosylated,_x000D_ polypeptide chain containing 376 amino acids (1-339a.a.) and having a molecular mass of 42.8 kDa. ANXA2 is fused to a 37 amino acid His-Tag at N-Terminus and purified by proprietary chromatographic techniques._x000D_
Description: The Human Annexin A2 produced from Human Adipose Tissue has a molecular mass of 38.472kDa (calculated without glycosylation) containing 338 amino acid residues.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Human Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma, tissue homogenates, cell lysates, cell culture supernates and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Human Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma, tissue homogenates, cell lysates, cell culture supernates and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Human Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma, tissue homogenates, cell lysates, cell culture supernates and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Human Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma, tissue homogenates, cell lysates, cell culture supernates and other biological fluids.
Description: Enzyme-linked immunosorbent assay based on the Double-antibody Sandwich method for detection of Human Annexin A2 (ANXA2) in samples from serum, plasma, tissue homogenates, cell lysates, cell culture supernates and other biological fluids with no significant corss-reactivity with analogues from other species.
Description: This is Double-antibody Sandwich Chemiluminescent immunoassay for detection of Human Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Chemiluminescent immunoassay for detection of Human Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Chemiluminescent immunoassay for detection of Human Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Chemiluminescent immunoassay for detection of Human Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Mouse Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma, tissue homogenates and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Mouse Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma, tissue homogenates and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Mouse Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma, tissue homogenates and other biological fluids.
Description: This is Double-antibody Sandwich Enzyme-linked immunosorbent assay for detection of Mouse Annexin A2 (ANXA2) in serum, plasma, tissue homogenates and other biological fluids.
Description: Enzyme-linked immunosorbent assay based on the Double-antibody Sandwich method for detection of Mouse Annexin A2 (ANXA2) in samples from Serum, plasma, tissue homogenates and other biological fluids with no significant corss-reactivity with analogues from other species.
